1. 이 사건은 검찰이 아무런 증거도 없이 공소사실도 특정하지 못한 채 조봉암 등 진보당 간부들에 대해 국가변란 혐의로 기소를 하였고, 양이섭의 임의성 없는 자백만을 근거로 조봉암을 간첩죄로 기소한 것으로 밝혀졌다.

2. 이 사건의 주요인물인 양이섭은 1958. 2. 8.부터 특무대 수사과정에서 외부와의 연락이 일체 두절된 채 여관에서 구속영장이 집행된 3. 8.까지 1개월여 불법감금 상태에서 조사를 받았다. 그러나 조봉암과 양이섭은 민간인 신분이었고 그 혐의 내용도 형법 제98조 및 국가보안법 위반이었으므로 특무대는 이들에 대한 수사권이 없었다. 따라서 특무대 수사관이 민간인 신분의 조봉암, 양이섭에 대해 수사를 행한 것은 형법 제124조 직권남용죄를 구성하며, 형사소송법 제420조제7호, 제422조가 정한 재심사유에 해당한다.

3. 1심 법원은 양이섭의 자백에도 불구하고 법리적으로 무리가 있어 간첩죄를 적용하지 아니하고 대한민국의 변란의 실행을 협의하였다는 점을 인정하여 국가보안법 제3조를 적용하여 징역 5년을 선고하였으나, 양이섭이 자백을 번복하였음에도 2심 법원과 대법원이 조봉암에게 간첩 혐의에 대해 유죄를 인정하여 사형을 선고한 것은 법리적으로도 무리가 있다.

4. 서울고법 및 대법원의 판결은 조봉암이 국가변란을 목적으로 진보당을 창당하였다는 점을 인정할 아무런 증거가 없고, 서울고법 공판에서 번복한 양이섭의 1심재판에서의 자백만으로 국가변란 및 간첩죄로 조봉암에게 극형인 사형을 선고하여 결국 처형에 이르게 한 것은 증거재판주의에 위배된다.

5. 이 사건은 정권에 위협이 되는 야당 정치인을 제거하려는 의도에서 표적 수사에 나서 극형인 사형에 처한 것으로 민주국가에서 있어서는 안 될 비인도적, 반인권적 인권유린이자 정치탄압 사건이다.

6. 국가는 특무대가 수사과정에서 불법감금 등 인권침해를 한 것과 검찰과 법원이 임의성 없는 자백에 의한 기소 및 유죄판결로 국민의 생명권을 박탈한 것에 대하여 피해자와 유가족에게 총체적으로 사과하고 화해를 이루는 등 적절한 조치를 취하여야 하며, 명예를 회복시키기 위해 형사소송법이 정한 바에 따라 재심 등 상응한 조치를 취하는 것이 필요하다.

7. 또한 조봉암이 일제의 국권침탈시기에 국내외에서 일제에 항거하고 독립운동을 하다가 복역한 사실이 인정됨에도 불구하고 이 사건 사형판결로 인하여 독립유공자로 인정받지 못한 것인 만큼, 국가는 조봉암을 독립유공자로 인정하는 것이 상당하다.