1. 부산형무소에서는 1950년 7월 26일～30일, 8월 2일～3일, 9월 25일 세 차례에 걸쳐 최소 1,500여 명의 재소자와 보도연맹원 및 예비검속자들이 살해된 것으로 추정된다. 이 중 신원이 확인된 희생자는 유승호(직다-475) 외 147명이다. 대다수의 재소자들은 법적절차 없이 살해되었으며, 일부는 군법회의에 회부되어 사형을 언도받고 총살당하였다. 재소자 학살과 동시에 8월에서 9월 사이 부산지역 보도연맹원과 예비검속자들은 부산지구CIC와 부산지구헌병대, 부산 전 지역 경찰들에 의해 연행된 후 부산형무소에 구금되었다. 구금된 보도연맹원과 예비검속자들은 과거 좌익 경력 및 사상 정도에 따라 A, B, C로 분류되어 재소자들과 함께 집단살해되었다. 7월 말부터 9월 수복 전까지 형무소에 상주하던 부산지구CIC와 부산지구헌병대, 부산지역 경찰들은 최소 1,500여 명의 재소자와 보도연맹원을 사하구 구평동 동매산 8부 능선, 해운대구 장산골짜기에서 집단총살하거나, 부산 오륙도 인근 해상에서 수장하였다.

2. 마산형무소에서는 1950년 7월 5일, 7월 21일～24일, 8월 24일, 9월 21일 네 차례에 걸쳐 최소 717명의 재소자와 보도연맹원들이 마산육군헌병대에게 인계되어 집단살해되었다. 이 중 신원이 확인된 사람은 배명기(직다-583) 외 358명이다. 대다수의 재소자들은 법적 절차 없이 집단살해되었으며, 일부는 군법회의에 회부되어 사형을 언도받고 총살당한 것으로 확인되었다. 또한 7월 15일부터 8월까지 마산지역 상당수의 보도연맹원들은 마산지구CIC와 마산육군헌병대, 마산경찰서 경찰들에 의해 예비검속된 후 마산형무소에 구금되었다. 구금된 보도연맹원들은 A, B, C로 분류되어 재소자들과 함께 집단살해되었다. 7월부터 9월까지 형무소에 상주하던 마산지구CIC와 마산지구헌병대, 마산경찰서 경찰들은 최소 717명의 재소자와 보도연맹원을 마산 구산면 앞바다에서 수장하였다.

3. 진주형무소에서는 1950년 7월 중순에서 하순까지 최소 1,200여 명의 재소자와 보도연맹원들이 진주지구CIC와 진주지구헌병대, 진주경찰서 경찰들에 의해 집단살해되었다. 이 중 신원이 확인된 사람은 김성홍(직다-45) 외 69명이다. 진주형무소 재소자들과 7월 15일부터 예비검속된 보도연맹원들은 형무소 안에 상주하던 진주지구CIC와 진주지구헌병대, 진주경찰서 경찰들에 의해 진주 명석면 우수리 갓골과 콩밭골, 관지리 화령골과 닭족골, 용산리 용산치, 문산읍 상문리 진성고개, 마산 진전면 여양리 산태골에서 집단총살당하였다.

4. 진실화해위원회 조사결과, 신청사건 중 신원이 확인된 희생자는 부산형무소 36명, 마산형무소 63명, 진주형무소 64명 등, 총 163명이다. 또한 신청사건 이외에 국가 공식 기록과 참고인 조사를 통해 신원이 확인된 희생자는 부산형무소 112명, 마산형무소 296명, 진주형무소 6명으로 총 414명이다.

5. 본 사건에서 희생이 확인된 형무소 재소자들은 육군형사법․국방경비법 위반자, 포고령․소요․국가보안법 위반자, 특별조치령 위반자들이었다. 그중 국가보안법 위반자(62%), 특별조치령 위반자(15.5%), 포고령 위반자(10.3%)가 많은 비중을 차지하였다. 또한 희생이 확인된 재소자들의 형기는 징역 8월에서 무기까지 다양하였으나 희생자 대부분이 징역 3년 이하(77.8%)의 단기수였다. 따라서 희생된 재소자들은 형기에 관계없이 전시 하 좌익수라는 이유로 집단살해되었다. 재소자뿐만 아니라 각 형무소에 구금된 보도연맹원들은 남하하는 인민군에게 동조하여 후방을 교란시킬 것이라는 정치적인 이유로 불법적으로 희생되었다.

6. 본 사건의 직접적인 가해기관은 각 지역에 주둔한 CIC와 헌병대 및 각 지역 경찰이다. 각 지역 경찰이 예비검속된 보도연맹원을 형무소에 구금하면 형무소에 상주하던 CIC가 재소자와 보도연맹원을 심사․분류하여 헌병대에게 인도하였고, 헌병대는 인도받은 재소자와 보도연맹원을 집단총살하거나 수장하였다. 본 사건은 전시계엄령 하에서 계엄사령관의 명령에 의해 각 지역 형무소 재소자와 보도연맹원이 헌병대에 인계되어 집단살해되었고, 일부는 군법회의에 회부되어 사형당한 것으로 확인되었다. 따라서 본 사건의 최종적 책임은 계엄령의 최고결정권자인 대통령과 국가에 귀속된다고 할 수 있다.

7. 정부의 계엄령 선포 이후 본 사건 관련 재소자들은 미결수․기결수 여부와 관계없이 군법회의에 회부되어 사형을 언도받고 헌병대에 의해 처형된 것으로 확인되었다. 그러나 본 사건과 관련된 기결수들은 사형수가 아니었으며, 형 확정 기결수를 다시 군법회의에 회부하여 처형한 것은 헌법이 규정한 ‘일사부재리의 원칙’을 위반한 것이었다. 또한 군법회의에 회부된 미결수 일부는 ‘고등군법회의 설치 및 운영에 관한 특별조치령’에서 명시한 수사나 공소절차가 생략된 채 곧바로 군법회의에 넘겨져 집단처형되었다. 뿐만 아니라 1950년 9월 15일 정일권 총사령관의 ‘형무소 수감 미결죄수 처리’ 지시 이후 민간인 범죄사건과 미결사건에 대해 군법회의 회부를 금지시켰음에도 불구하고 9월 말까지 본 사건 관련 민간인들이 군법회의에 회부되어 사형을 언도받고 집단살해당하였다.

당시 군법회의는 불법적으로 운영된 점이 확인된다. 조사결과, 마산지구 계엄고등군법회의의 경우 ‘군법회의의 설치 및 운영에 관한 특별조치령’에서 규정한 절차를 무시하고 운영되었다. 마산 계엄고등군법회의의 경우 심판관은 1명(규정은 심판관 5명 이상)이었으며, 검찰관 1명이 하루에 159명을 사실심리하는 등 지극히 형식적인 재판을 거쳐, 대부분 집단살해하였다. 또한 본 사건과 관련하여 계엄당국은 군법회의 개최에 관한 계엄사령관의 승인과 집행 명령이 없는 상태에서 재소자와 보도연맹원을 집단살해하고, 사후에 문서를 조작하여 승인받는 형식을 취했다. 따라서 본 사건 관련 일부 재소자와 보도연맹원의 살해과정에 드러난 군법회의는 적법한 절차조차 지키지 않았으며, 사실상 집단학살을 위한 요식행위에 불과한 것으로 판단된다.

8. 본 사건은 국민의 생명과 재산을 보호해야 하는 국가가 형무소에 수감된 재소자와 보도연맹원들을 집단살해하고, 일부는 적법절차를 거치지 않은 군법회의를 통해 사형시킨 범죄행위이다. 비록 전시였다고는 하나 국가가 좌익사범이라는 이유로 수감된 재소자들을 적법한 절차 없이 집단처형한 행위는 정치적 살해라고밖에 볼 수 없다. 이렇게 살해된 희생자의 유족들은 가족의 행방조차 알지 못한 채 ‘빨갱이’ 가족이라는 사회적 차별과 연좌제의 고통 속에 하루하루를 살아왔다. 이로 인해 남은 가족들은 경제적․심리적으로 고통받았으며, 남은 유족이 다시 가해기관에 연행되어 구타와 고문을 받고, 심지어 자살을 하는 등 고통 속에서 살아왔다.