1. 진실화해위원회에서 당시 국과수가 감정한 문건들에 대하여 3개 사설감정기관에 각각 의뢰한 필적감정에 의하면 종전 국과수 필적감정과는 정반대로 ｢유서｣와 강기훈의 필적은 상이하다는 일치된 결과가 나왔고, 또한 당시 감정을 하지 아니한 강기훈의 필적들과 ｢유서｣를 국과수 및 7개 사설감정원에 각각 감정을 의뢰한 결과, 강기훈의 필적은 ｢유서｣와 ‘상이하다’는 일치된 감정결과가 나왔다. 또한 진실화해위원회는 새로이 발견된 김기설의 필적으로 인정되는 ｢전대협노트｣및 ｢낙서장｣에 대하여 국과수 및 7개 사설감정원에 각각 감정을 의뢰한 결과, 김기설의 필적과 ｢유서｣는 ‘동일하다’는 일치된 감정결과가 나왔다.

2. 이번 국과수 감정결과는 국과수 문서감정실 감정인 5명 모두가 실질적으로 참여하여 객관적으로 진행되었고, 7개 사설감정원에서 각각 행한 감정결과와도 일치된 것이어서 신뢰할 수 있는 것이다.

3. 따라서 진실화해위원회의 감정결과에 의하면 강기훈의 필적과 유서의 필적이 다르므로 강기훈이 김기설의 유서를 작성한 것으로 볼 수 없다. 또한 진실화해위원회의 감정결과에 의하면 김기설의 필적과 유서의 필적이 동일하며, 경험칙상 타인의 유서를 대필한다는 것은 극히 이례적인 일임에 비추어 김기설이 자신의 유서를 작성하였다고 볼 수 있다.

4. 검찰과 법원의 경우 그 감정결과가 신빙할 수 있는지 여부 및 증거를 제대로 판단하여 기소하고 판결을 할 의무가 있고, 증거재판주의 원칙상 유죄판결의 경우 합리적인 의심을 벗어난 정도의 엄격한 증명을 요구하며, 의심스러울 때에는 피고인에게 유리하게 무죄를 선고하여야 한다. 그런데 검찰은 강기훈이 혐의를 강력히 부인한 상태에서 국과수의 필적감정결과 및 정황에 의거 기소를 하였고, 법원 또한 국과수 감정인이 행한 필적감정결과 및 정황에 의거 유죄판결을 한 것이다. 결국 범죄사실을 입증할 책임이 검사에게 있는 이 사건에 있어서, 필적감정 및 정황에 의거 기소하고, 유죄판결을 한 것은 합리적 의심이 없을 정도로 증명을 요구하는 증거재판주의의 원칙에 위반한 것이다.

5. 기소 및 재판의 기초가 된 필적감정이 번복되었으므로, 검찰과 법원은 공익의 대표자 및 인권보장의 최후의 보루로서 피해자가 피해 및 명예를 회복할 수 있도록 노력할 필요가 있다.

6. 국과수 감정인은 공동심의를 제대로 하지 않았음에도 공동심의를 한 것으로 감정서에 기재하고 법정에서 증언을 하였고, 객관적 사실과 다른 자의적 감정결과를 회신하여 강기훈으로 하여금 유죄판결을 받게 하는 결과를 낳았다. 하지만, 이번에 진실화해위원회가 의뢰한 새로운 필적자료에 대해 현 국과수가 나서 감정을 행하고 과거의 과오를 인정한 것은 진실규명과 화해를 위해 평가할 만한 일이다.

7. 국가는 확정판결에 대하여 피해자와 그 가족의 피해와 명예를 회복시키기 위해 형사소송법이 정한 바에 따라 재심 등 상응한 조치를 취하는 것이 필요하다. 국가는 종전 국과수의 필적감정, 기소 및 유죄판결에 대하여 피해자와 그 가족에게 사과하고 화해를 이루는 적절한 조치를 취하는 것이 필요하다.